Зеленый
Этимология
Корень khā ḍād rā (خ ض ر), согласно corpus.quran.com, употреблен в Коране 8 раз.
Зеленые колосья
(12:43) И сказал Царь (Джосер): «Воистину, я видел, как семь тощих коров, пожирают семерых тучных, а также семь зеленых (араб. خُضْرٍ, худрин) колосьев, и еще (семь) высохших. О жрецы! Разъясните мое видение, если вы способны (извлекать) урок из Видений».
(12:46) (Он сказал): «О Иосиф! О правдивый (муж)! Разъясни ка нам о семи тучных коровах, которых пожирают семь тощих, а также о семи зеленых колосьях и еще (семи) высохших, чтобы я мог вернуться к людям. Быть может, они уразумеют».
Зеленое дерево
(36:80) Он создал для вас огонь из зеленого (араб. الْأَخْضَرِ, аль-ахдари) дерева, и теперь вы разжигаете (огонь) от него.
Зеленые одеяния праведников
(18:31) Именно им (уготованы) райские (сады) Эдема, в которых текут реки. Они будут украшены золотыми браслетами, и облачены в зеленые (араб. خُضْرًا, худран) одеяния из атласа и парчи. Они (будут возлежать) там на креслах, облокотившись. Благородные одеяния и прекрасное (место) встречи!
(76:21) На них будут зеленые (араб. خُضْرٌ, худрун) одеяния из атласа и парчи. Они будут украшены серебряными браслетами, а Господь их напоит их чистым напитком.
Возможно, что в связи с "райскими" корнями зеленого цвета, знамя Пророка принято считать зеленым.